Ubuntuで作業フォルダ・一時フォルダを高速なSSDに設定して計算を実行する方法

/workにSSD RAID0領域がある場合、/homeと/tmpをそれぞれ作業フォルダ、一時フォルダとしていてはせっかくの/workが使われません。そのため、以下の設定を行って計算を行う。

まず、/work/USERNAMEがあるかどうか調べて、なければ作る。

sudo mkdir -p /work/USERNAME
sudo chown -R USERNAME:USERNAME /work/USERNAME

一時フォルダの設定

OSの標準の一時ディレクトリは/tmpです。Rを含めてこれが一時ディレクトリの作成場所として使われますが、アクセス速度は/workに比べると遅いです。そこで、計算の実行前に環境変数TMPDIRを設定します。ターミナルなら、export TMPDIR=/work/USERNAMEとするだけです。以下のコマンドを実行してターミナル起動時に毎回実行されるようにすることもできます。

echo 'export TMPDIR=/work/USERNAME' >> ~/.bashrc

Rでは、以下のコマンドを実行して~/.Renvironに設定を書いておきます。

echo 'TMPDIR=/work/USERNAME' >> ~/.Renviron

Rで一時ディレクトリが反映されているかどうかはtempdir()で確認できます。

作業フォルダの設定

計算の実行時は、/work/USERNAME以下をカレントフォルダとします。ターミナルなら以下のコマンドを実行します。

cd /work/USERNAME/foo/bar

Rでは、起動前にターミナルで予め上記コマンドを実行しておくか、起動後に以下のコマンドを実行します。

setwd("/work/USERNAME/foo/bar")